V rámci projektu CasProt v spolupráci so skupinou Prof. Dr. Plückthuna z Univerzity v Zürichu sme v laboratóriách CIB vyvinuli matrix pre jednokrokovú izoláciu proteínov metódou afinitnej chromatografie. Základom tohto matrixu je proteín DARPin (Dizajnovaný Ankyrínový Repetitívny Proteín) s vysokou afinitou k maltózu-viažúcemu proteínu (MBP), ktorý sme pre upravili metódou racionálneho dizajnu pre potreby afinitnej chromatografie. V práci sme ukázali nielen vysokú afinitu takéhoto matrixu ku MBP konjugovaným proteínom, ale aj kapacitu a reprodukovateľnosť izolácie týmto spôsobom. Táto metóda bola opublikovaná v časopise International Journal of Biological Macromolecules (IF 6.853) (Nemergut M., Škrabana R., Berta M., Plückthun A., Sedlák E. (2021) Purification of MBP fusion proteins using engineered DARPin affinity matrix. Intern. J. Biol. Macromol. 187, 105-112.)
Štruktúra komplexu DARPin-MBP, ktorý predstavuje základ vyvinutej purifikačnej metódy, s vyznačenými lyzínmi, ktoré boli modifikované racionálnym dizajnom (PDB: 1SVX a 1ANF).
Schematické zobrazenie izolácie MBP-proteínu afinitnou chromatografiou s DARPinom.